Multi tool use

ValueError: No dataset in HDF5 file with pandas.read_hdf from a MatLab h5 file

I get a ValueError: No dataset in HDF5 file. when using :

ValueError: No dataset in HDF5 file.

In [1]: import pandas as pda

In [2]: store = pda.read_hdf('X.h5')
---------------------------------------------------------------------------
ValueError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-72e9d80a2c5b> in <module>()
----> 1 store = pda.read_hdf('X.h5')

/usr/local/miniconda3/envs/tensorFlow-GPU/lib/python3.6/site-packages/pandas/io/pytables.py in read_hdf(path_or_buf, key, mode, **kwargs)
356 groups = store.groups()
357 if len(groups) == 0:
--> 358 raise ValueError('No dataset in HDF5 file.')
359 candidate_only_group = groups[0]
360

ValueError: No dataset in HDF5 file.


h5dump shows :

h5dump

$ h5dump -n X.h5
HDF5 "X.h5" {
FILE_CONTENTS {
group /
dataset /DS
}
}


And if I use the h5py I can see the data :

h5py

In [3]: import h5py
/usr/local/miniconda3/envs/tensorFlow-GPU/lib/python3.6/site-packages/h5py/__init__.py:36: FutureWarning: Conversion of the second argument of issubdtype from `float` to `np.floating` is deprecated. In future, it will be treated as `np.float64 == np.dtype(float).type`.
from ._conv import register_converters as _register_converters

In [4]: f = h5py.File('X.h5','r')

In [5]: f.keys()
Out[5]: KeysView(<HDF5 file "X.h5" (mode r)>)

In [6]: list( f.keys() )
Out[6]: ['DS']

In [7]: f['DS']
Out[7]: <HDF5 dataset "DS": shape (10, 20), type "<f8">

In [8]: f['DS'][:]
Out[8]:
array([[1., 0., 1., 1., 0., 0., 1., 1., 1., 1., 0., 1., 0., 0., 0., 1.,
0., 1., 0., 0.],
[0., 0., 0., 1., 0., 1., 1., 0., 1., 0., 1., 1., 1., 1., 0., 0.,
1., 1., 0., 0.],
[0., 1., 1., 1., 1., 0., 1., 1., 1., 0., 1., 0., 1., 1., 0., 0.,
1., 1., 0., 0.],
[0., 0., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 0., 0., 1., 1., 1., 1., 1.,
1., 0., 1., 0.],
[0., 1., 1., 1., 0., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 0., 1., 1., 0., 1.,
0., 1., 0., 0.],
[0., 0., 1., 1., 1., 1., 0., 1., 1., 1., 0., 1., 1., 0., 1., 1.,
1., 1., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 0., 0., 1., 1., 0., 1.,
1., 1., 0., 1.],
[0., 0., 1., 1., 1., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 1., 0., 0.,
0., 1., 0., 1.],
[0., 0., 0., 1., 1., 1., 1., 1., 0., 0., 0., 0., 1., 1., 1., 0.,
1., 0., 0., 0.],
[0., 1., 0., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 0., 0., 1., 1., 1., 0., 1.,
1., 0., 0., 0.]])


read_hdf

pandas/pytables

h5py

h5

h5write

/

h5

save

.mat

read_hdf

Retrieve pandas object stored in file

df.to_hdf()

df

pandas

pandas

h5py

By clicking "Post Your Answer", you acknowledge that you have read our updated terms of service, privacy policy and cookie policy, and that your continued use of the website is subject to these policies.